Alonso de Cárdenas, Grão Mestre da Ordem de Santiago, erigiu esta igreja em 1481, por volta da mesma altura -1482- a igreja de Llerena foi concluída, onde está enterrado, juntamente com a sua esposa D.ª Leonor de Luna, do lado do Evangelho.
Uma característica singular deste templo, que o distingue dos outros do seu estilo, é a grande elevação das suas pilastras, coroadas por capitais de grande simplicidade, o que confere ao edifício uma sumptuosidade extraordinária. A nave principal tem arcadas transversais apontadas, com um grande vão, uma cobertura de madeira distribuída em três secções, com a primeira secção desviada do eixo principal do edifício. Na sua frente norte, existe uma arcada de tijolo pontiagudo pertencente ao núcleo primitivo. Nesta capela há cofres com nervuras com um trigémeo em forma de estrela. Em suma, duas capelas laterais cobertas com abóbadas em forma de estrela, o arco gótico do presbitério, a esbelteza do edifício, de grande elevação e elegância, e a simplicidade das capitais, permitem-nos colocar a parte mais antiga do século XV, que coincide com os dados históricos. No primeiro quarto do século XVI, foram realizadas construções de notável interesse, indo do gótico ao renascentista, como se pode ver no cofre do presbitério, e que mostram a presença de um mestre contemporâneo de Diego de Riaño. A porta deve ter sido construída no século XVIII. Em 1840 San Sebastián tinha seis padres, um pároco e um tenente, mas nos séculos anteriores teve um padre e onze outros clérigos.
A Hermandad de Ntro. Padre Jesús Nazareno (Irmandade do Nosso Pai Jesus de Nazaré) esteve localizada nesta igreja até ser fechada para adoração. Construída em alvenaria e tijolo, a sua nave principal, à qual está ligada outra nave lateral do lado esquerdo ou do lado do Evangelho, de grande elegância devido à sua grande elevação, está dividida em quatro baías, a primeira desviada do eixo do edifício por meio de arcos transversais pontiagudos de grande vão que repousam sobre pilastras ligadas à parede, Até há alguns anos atrás, era coberto com um telhado de madeira, que foi substituído pelo actual telhado de lábio, que conserva a memória do original na utilização das madeiras. Por seu lado, o presbitério, também desviado em relação ao eixo longitudinal da nave e acessível através de um arco triunfal pontiagudo com duas molduras simples, é coberto por uma abóbada em forma de estrela, constituída por duas costelas diagonais que, quando unidas por meio de outras costelas secundárias – as terceletes – formam uma estrela de quatro pontas, dentro da qual se inscreve um círculo.
As costelas que compõem o cofre que acabamos de descrever mostram nas suas articulações uma série de rosetas decoradas com interessantes temas heráldicos, que não pudemos estudar devidamente devido à sua grande altura, mas que talvez façam alusão ao Priorado de San Marcos de León e à Ordem de Santiago, Estas costelas partem de corbéis decorados com relevos representando os símbolos dos Evangelistas, unidos por meio de imposições que só correm ao longo das paredes laterais do presbitério, desaparecendo na parede frontal devido à colocação do retábulo que uma vez ocupou a sua superfície. Numa destas paredes laterais encontra-se a entrada para uma pequena capela, também coberta com um cofre em forma de estrela mas com um desenho muito mais simples, semelhante a dois pontos de arpão unidos nos seus vértices.
Outra capela, que foi outrora a capela de Sagrario, abre na primeira secção da nave, junto ao arco principal que conduz à capela-mor da igreja. Com planta quadrada, o seu telhado é também uma abóbada em forma de estrela com tréguas, cuja alvenaria ainda mostra restos da decoração pictórica barroca com a qual foi enriquecida numa reforma posterior, talvez do século XVIII, à qual a abóbada de meia tábua com arcos transversais que cobre a nave lateral deve também corresponder.
Em suma, na igreja de San Sebastián encontramos uma combinação de elementos estilísticos góticos, mudéjares, renascentistas e barrocos. Esta igreja foi fechada para culto em 1936. Está actualmente a ser utilizado como um mercado alimentar.
