En el solar que ocupa la parroquia se levantó la primitiva fortaleza musulmana, de época almohade, de la que solo ha llegado a nosotros un trozo de muro situado junto a la cabecera del templo y en el que se abre un arco de herradura apuntada encuadrado por alfiz.
Ya en nuestro siglo, concretamente en 1931, se construyó la torre del reloj. También a estos años de transición entre los siglos XV y XVI se deben otras partes del templo, como su portada y la torre. Templo gótico-mudéjar, construido a base de sillares y ladrillo, de planta rectangular y dividido en tres naves repartidas en cuatro tramos por medio de pilares cruciformes, rematados por capiteles muy sencillos en forma de cavetos, sobre los que apoyan arcos apuntados.
La nave central comunica a través de un arco toral apuntado, con el presbiterio o capilla mayor compuesto por dos tramos, ambos cubiertos con bóvedas góticas de nervaduras. Conforme avanza el siglo XVI continúan las obras en el templo. Se construyen las capillas de cabecera de las naves laterales. El siglo XVII contempló la construcción de la sacristía. Ya en el XVIII debió emprenderse la construcción del coro, a los pies del templo, y la reforma de las cubiertas de las naves, El patrimonio artístico actual.
La parroquia de Santa María alberga hoy entre sus muros un conjunto de obras, en gran parte de moderna ejecución, que han venido a llenar el vacío dejado por la desaparición de las piezas anteriores en 1936. El actual retablo mayor, ejecutado en 1955, alberga una serie de pinturas de Rafael Blas Rodríguez. En el ático se sitúan una escultura del Crucificado del siglo XVI, y dos tablas de fines del siglo XVI representando a San Pedro y San Pablo y la Última Cena . De gran interés es el frontal del altar, de azulejos sevillanos, fechable hacia 1600.
La capilla de cabecera de la nave izquierda se cierra, en el frente que mira a la capilla mayor, por medio de una interesante reja renacentista fechada a fines del siglo XVI. Ya por la nave se reparten algunas imágenes modernas de serie, como las de San Antonio, San Isidro Labrador, Virgen del Pilar, San Rafael, Virgen Milagrosa y Virgen de Fátima, además de un lienzo de las Ánimas. Muy interesante resulta la pila bautismal, de estilo mudéjar y fechable en el siglo XIV.
En la nave contraria, aparte de algunas rejas de forja del siglo XVI, hay que destacar, algunos retablos y diversas esculturas. Finalmente, habría que mencionar la colección de piezas de orfebrería del templo, fechadas entre los siglos XVI al XIX. El retablo está compuesto con elementos procedentes de varios de la antigua iglesia de San Sebastián de esta ciudad. Muy interesante el frontal del altar mayor, de azulejos de cuenta del tipo de bordados y reflejos dorados y azul.La capilla colateral –nave del Evangelio- con su bóveda oval torpemente pintada, pertenece al Renacimiento.La otra capilla colateral –nave de la epístola-, también renacentista, está cerrada por dos interesantes rejas.
La capilla inmediata tiene una reja interesante, compuesta con elementos del gótico decadente, en la capilla de la Virgen de Guaditoca, reja con inscripción: De Nª Sª de Guaditoca a devoción de D. Tomás Ramos siendo mayordomo. Año 1925. Retablo de cerámica e imagen de la titular, obra de Illanes. La pila del agua bendita es un capitel romano del siglo II o III. En la sacristía, restos de artesonado, y arco de herradura. En una dependencia del templo dos pinturas en tabla representando la Cena Sacramental y los Apóstoles San Pedro y San Pablo, muy romanistas, que pudieran fecharse hacia 1600. Actualmente, es la única que pertenece abierta al culto.
